On ne sait pas encore exactement ce qui provoque une œsophagite à éosinophiles, mais il semble assez probable qu’elle soit déclenchée par des allergènes (substances allergisantes) présents dans l’alimentation ou dans l’air. À cela viennent s’ajouter des facteurs tels que des influences de l’environnement et une prédisposition génétique.